Nonostante i ripetuti assalti da parte della Seele, prosegue l’introduzione del sistema MAGI. Nel frattempo, per risolvere i problemi ai computer del centro studi, Shinji ha intrapreso insieme alle ragazze un nuovo tipo di allenamento. E i risultati iniziano a farsi vedere. Nuove emozioni vi attendono nel decimo capitolo dello spin-off di Neon Genesis Evangelion.